Po získaní titulu magister práva na Právnickej fakulte Viedenskej univerzity v roku 1995 pokračoval v štúdiu aj na Právnickej fakulte Univerzity Komenského v Bratislave, ktorú úspešne ukončil v roku 1997. V roku 1999 získal na Univerzite Komenského v Bratislave titul doktor práv.
Po ukončení štúdia na Viedenskej univerzite pôsobil na pôde Ekonomickej univerzity Viedeň na katedre stredoeurópskeho a východoeurópskeho hospodárskeho práva. V súčasnosti je externým doktorandom na katedre obchodného práva Právnickej fakulty Univerzity Komenského v Bratislave.
Ján Čarnogurský získaval profesionálne skúsenosti ako advokátsky koncipient už od roku 1995. Od roku 2000 pôsobil ako partner v renomovanej nadnárodnej právnej spoločnosti, v ktorej pracovalo viac ako 1500 právnikov. V súčasnosti je riadiacim partnerom advokátskej kancelárie ULC Čarnogurský.
Ján Čarnogurský počas svojej právnej praxe získal významné skúsenosti v oblasti privatizácie, nezanedbateľné skúsenosti nadobudol aj pri realizácii rôznych druhov obchodných transakcií, ako sú fúzie a akvizície obchodných spoločností vrátane rôznych investičných projektov. Pripravoval zmluvy a právne dokumenty z oblasti energetiky, bankového a finančného práva, práva nehnuteľností, cenných papierov i z oblasti občianskeho práva. Rozsiahle skúsenosti získal v oblasti prípravy a koordinácie Due Diligence energetických podnikov, chemických závodov, bánk, poisťovní a farmaceutických spoločností.
Ján Čarnogurský je zapísaný v zozname advokátov Slovenskej advokátskej komory.
V roku 2011 úspešne absolvoval výstup na najvyššiu horu sveta Mount Everest.
Ovláda anglický, nemecký a ruský jazyk.
